Sia gli Etruschi che successivamente i Romani si servivano del porto per il commercio del ferro e fu proprio durante il periodo romano che sorse la città che fu chiamata Ferraja.

Fu sotto il granducato di Cosimo I de Medici che vennero costruite le imponenti mura che tuttora esistono e formano l’unico esempio di fortificazione marittima del ‘500, e fu sistemata la darsena : in pochi anni Portoferraio divenne una delle migliori basi navali del Mediterraneo, capace di accogliere un’intera flotta di navi da guerra e da carico.

Diminuito l’interesse militare, i Lorena incrementarono l’economia, impiantando nel ‘700 saline e favorendo commerci, come quello del vino.
All’inizio del ‘900 Portoferraio fu sede di un importante polo siderurgico per la fusione di minerali di ferro e di rottami di ferro importati. Il porto divenne così un vero e proprio porto industriale, dotato di grandi e moderne attrezzature, con 4 pontili e 15 gru elettriche.

Dopo la distruzione degli stabilimenti industriali e delle opere portuali durante la seconda guerra mondiale ed emersa la vocazione turistica dell’Isola d’Elba, il porto divenne il terminal per traghetti adibiti al collegamento con il continente ed approdo per navi da crociera e per imbarcazioni da pesca e da diporto.